Mikrobioma e njeriut mund të ndikohet nga kontakti me sipërfaqet, kafshët dhe njerëzit e tjerë; gëlltitja e ushqimit dhe ujit; ose frymëmarrja. Në të kundërt, mikrobioma e zorrëve mund të ndikojë gjithashtu në rezistencën ndaj ekspozimeve mjedisore ndaj parazitëve dhe patogjenëve të tjerë duke ndryshuar imunitetin e lindur dhe adaptiv, duke dhënë efekt në mukozën e zorrëve.

Efektet e ekspozimit mikrobial mendohet se fillojnë herët në jetë. Lindja vaginale kundrejt seksionit cezarian (C-seksioni) është treguar se ndikon në mbjelljen mikrobiale të traktit gastrointestinal të porsalindur. Ky ndryshim në përbërjen mikrobike të hershme mbart implikime të mundshme shëndetësore në zhvillimin e sistemit imunitar duke ndikuar në rezultatet shëndetësore si; riniti alergjia, astma, sëmundja celiac, diabeti mellitus dhe gastroenteriti.

Gjithashtu mjedisi i ndërtuar mund të jetë burim i transferimit të mikrobeve te banorët dhe sa më i mbyllur të jetë mjedisi, aq më i madh është potenciali për një transferim të tillë. Një studim i dragonjve Komodo identifikoi ndarjen e mikrobiomeve midis mjedisit të rrethimit dhe mikrobiomeve fekale, pështymës dhe lëkurës së dragoit Komodo. I njëjti studim gjeti diversitet më të madh beta (ndryshime në përbërjen e specieve) midis mikrobeve të njerëzve dhe shtëpive të tyre sesa midis dragonjve Komodo dhe rrethimeve të tyre, duke sugjeruar se një jetë më e kufizuar mund të shoqërohet me efekt më të madh të mjedisit të ndërtuar në mikrobiome pritëse. Rritja në robëri kundrejt rritjes së egër është shoqëruar me ulje të diversitetit beta të komunitetit bakterial në një gamë të gjerë speciesh shtazore. Për shembull, vendosja e amfibëve të egër në mjedise të mbyllura zvogëloi diversitetin bakterial në lëkurën e tyre, ndryshe ndodhte nëse ata ishin të vendosur me një substrat dheu nga habitatet e tyre natyrore.

Ashtu si robëria në kafshë, urbanizimi i popullatave njerëzore rezulton në mjedise të ndërtuara më të mbyllura dhe dieta me më pak varietet, që mund të kenë efekte mikrobiomike.

Mikrobioma e familjes në fshatrat rurale ndryshon nga ajo në mjediset më urbane. Në mënyrë të ngjashme, mikrobioma e shtëpive të fermerëve të derrave kanë diversitet dhe bollëk më të madh mikrobial në krahasim me shtëpitë periferike. Mikrobioma e mjediseve të punës mund të ndikojë gjithashtu në mikrobiomën e njeriut. Në një studim të punëtorëve në laboratorët e kërkimit të kafshëve, analiza e SourceTracker (një metodë për nxjerrjen e burimeve mikrobike) zbuloi se mikrobioma e mjedisit të punës kontribuoi në mikrobiomën e gojës, hundës dhe lëkurës së punëtorëve.