Koncepti “One Health” thekson marrëdhëniet ekologjike midis shëndetit të njeriut, kafshëve dhe mjedisit. Pjesa më e madhe e literaturës së One Health deri më sot ka ekzaminuar transferimin e patogjenëve nga kafshët (p.sh., zoonozat në zhvillim) dhe mjedisit nga njerëzit. Zhvillimi i shpejtë i teknologjisë, për të kryer sekuencën e ADN-së me kapacitet të lartë, e ka zgjeruar këtë pikëpamje duke përfshirë studimin e të gjithë komuniteteve mikrobike. Zbatimi i qasjes “One Health” në mikrobiomë lejon marrjen në konsideratë të transferimit mikrobik patogjen dhe jopatogjen midis njerëzve, kafshëve dhe mjedisit.

Ndërkohë që ndikohet nga ekspozimet mjedisore, mikrobioma e njeriut gjithashtu mund të ndryshojë përgjigjen ndaj faktorëve mjedisorë përmes efekteve në funksionin metabolik dhe imunitar. Kuptimi më i mirë i këtyre ndërveprimeve të mikrobiomave midis njerëzve, kafshëve dhe mjedisit të përbashkët, do të kërkojë zhvillimin e vazhdueshëm të qasjeve të përmirësuara të modelimit statistikor dhe ekologjik. Një kuptim i tillë i zgjeruar mund të çojë në ndërhyrje inovative për të parandaluar dhe menaxhuar sëmundjet dhe shëndetin e njeriut.

Llojet e ndryshme të kafshëve strehojnë mikrobiome unike, shpesh me kompleksitet të barabartë ose më të madh në krahasim me mikrobiomën e njeriut. Ashtu si te njerëzit, mikrobiomet e kafshëve ndikojnë në shëndetin e bagëtive, kafshëve shtëpiake, vektorëve të sëmundjeve dhe specieve themelore që mbështesin ekosistemet. Për shembull, mikrobioma e derrave ndikon në incidencën e sëmundjeve të frymëmarrjes, ndërsa mikrobioma e koraleve të ndërtimit të shkëmbinjve luan një rol kyç në lidhje me ekosistemet ku ndodh mbipeshkimi, ndotja me lëndë ushqyese dhe ngrohja globale. Në mënyrë të ngjashme, mjediset kanë mikrobiome karakteristike dhe këto mund të ndikojnë në shëndetin e njeriut. Për shembull, urbanizimi rrit paralelisht alergjinë, astmën dhe sëmundje të tjera kronike te njerëzit, ndoshta të lidhura me ekspozimin e reduktuar ndaj mikroorganizmave të ndryshëm. Kuptimi ynë për mikrobiomet mjedisore është rritur përmes përpjekjeve për marrjen e mostrave në metro, ambulanca, tualete, klasa universitare dhe ndërtesa zyra, si dhe biomet, habitatet e jashtme në të gjithë globin.

Të kuptuarit ndikimin që ka, në shëndetin e njeriut, ekspozimi ndaj mikrobeve nga kafshët ose mjedisi do të kërkojë integrimin e kornizave të vlerësimit të ekspozimit me modelet parashikuese të ekologjisë mikrobike dhe rezultatet shëndetësore të lidhura me to. Provat aktuale sugjerojnë se grumbullimi i mikrobiomës së njerëzve dhe kafshëve të tjera ndikohet nga disa procese: ekspozimi ndaj mikrobeve (p.sh. nga prindërit, njerëzit e tjerë, kafshët dhe mjedisi); filtrimi i ekspozimeve mikrobike bazuar në ndërveprimin e tipareve mikrobiale dhe pritëse (p.sh., metabolizmi dhe imuniteti); dhe rezultati i ndërveprimeve konkurruese ose bashkëpunuese midis mikrobeve dhe fagëve brenda mjedisit pritës.